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Augisey existait déjà en tant que village gaulois ; des bracelets, entre autres, y ont été retrouvés vers 1900 en labourant.
Le territoire d’Augisey fut donné à l’Abbaye de Gigny par l’Abbé Bernon (fondateur de l’abbaye de Cluny) en 895. Le village doit probablement sa vie aux religieux que les moines de Gigny envoyèrent dans le prieuré de Saint-Laurent-la-Roche pour défricher les landes ingrates. Possession de jean de Chalon l’Antique, il fut incorporé à la terre de Saint-Laurent la roche. Ce village, son église et son château furent entièrement détruits par les troupes de Louis XI en 1479 durant la première incursion française en Franche-Comté.
Elevage laitier et artisanat rythment désormais la vie de ce village typique de la Petite montagne Jurassienne.